免疫沉澱是利用抗原抗體特異性反應，從特定混合物（通常是細胞裂解液或表達上清）中純化富集目的蛋白的一種方法。傳統的IP實驗是抗體與目的蛋白結合後，再與蛋白ProteinA/G（結合抗體Fc片段）偶聯的瓊脂糖或磁珠孵育，通過離心得到珠子-蛋白A/G-抗體-目的蛋白複合物，複合物經過洗滌、洗脫後用於後續下遊實驗。IP是許多蛋白質相關研究的重要步驟，用於研究蛋白質的存在、相對豐度、蛋白表達的上下調、蛋白至穩定性及相互作用等。
免疫沉澱的原理為：針對特定靶蛋白的抗體與樣品（細胞裂解物等）中的靶蛋白形成免疫複合物，隨後利用ProteinA-磁珠或ProteinG-磁珠將該免疫複合物從混合物中沉澱下來。後將靶蛋白從磁珠上洗脫（如果抗體沒有共價連接到磁珠上或使用變性緩衝液進行洗脫，抗體也會被洗脫下來），並通過SDS-PAGE，WesternBlot等手段對洗脫下來的蛋白進行分析。
免疫沉澱固相物質的選擇：
對於小型特定蛋白和蛋白複合物的分離，磁珠可實現結合能力、得率、可重複性、純度和成本節約之間的平衡。當進行手動和自動化標準IP、Co-IP、ChIP、ChIP-Seq、RIP和pull-down反應並立即用於後續檢測分析時，磁珠是理想選擇。利用強力磁力架可將磁珠定位到孵育管的側壁，使其不阻礙細胞裂解物抽吸。磁性分離不需要離心，所以不會導致抗體-抗原結合破壞和目標蛋白損失現象。當需要純化大量目標蛋白用於下遊分析，且特異性抗體較易獲得，瓊脂糖樹脂純化較為適用。
